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WRF基础 | WRF库的安装

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介绍

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# WRF模式依赖库版本信息
# 这些库是WRF模式运行的基础依赖

# 并行计算库
mpich-3.0.4      # MPI并行计算库，用于分布式内存并行
openmpi-3.0.0    # OpenMPI并行计算库，MPICH的替代方案

# 压缩和图像处理库
zlib-1.2.7       # 数据压缩库
libpng-1.2.50    # PNG图像处理库
jasper-1.900.1   # JPEG-2000图像压缩库

# 科学数据格式库
hdf5-1.10.5          # 层次化数据格式第5版
netcdf-c-4.8.1       # NetCDF C接口库
netcdf-fortran-4.5.4 # NetCDF Fortran接口库
netcdf-cxx4-4.3.1    # NetCDF C++接口库

# 编译器版本要求
# 编译器使用的是GNU编译器套件
gfortran的版本最好不要高于7，因为Fortran 7以上版本中iand函数的定义发生变化，可能会导致intmath错误
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## 文件所用脚本


```shell
# gfortran是Fortran 95 编译器，支持Fortran95和一部分Fortran2003的功能
which gfortran
# /usr/bin/gcc
which cpp
# /usr/bin/cpp
# gcc是GCC中的GUN C Compiler（C 编译器）
which gcc
# /usr/bin/gcc
# 查看gcc版本
gcc --version
# gcc (GCC) 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-44)

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#!/bin/bash

#系统初始编译器配置
#yum install gcc
#yum install cpp gcc-c++
#yum install gcc-gfortran
#yum install unzip bzip2 time nfs-utils perl tcsh wget m4 mlocate.x86_64 libX11-devel.x86_64 libXext-devel.x86_64 libXrender-devel.x86_64 fontconfig-devel.x86_64 curl-devel cmake subversion

source libraries.sh

# mpich-3.0.4
tar xzvf mpich-3.0.4.tar.gz
cd mpich-3.0.4
./configure --prefix=$DIR/mpich
make
make install
cd ..
rm -rf mpich-3.0.4
source libraries.sh

# zlib-1.2.7
tar xzvf zlib-1.2.7.tar.gz
cd zlib-1.2.7
./configure --prefix=$DIR/grib2
make
make install
cd ..
rm -rf zlib-1.2.7
source libraries.sh

# libpng-1.2.50
tar xzvf libpng-1.2.50.tar.gz
cd libpng-1.2.50
./configure --prefix=$DIR/grib2
make
make install
cd ..
rm -rf libpng-1.2.50
source libraries.sh

# jasper-1.900.1
tar xzvf jasper-1.900.1.tar.gz
cd jasper-1.900.1
./configure --prefix=$DIR/grib2
make
make install
cd ..
rm -rf jasper-1.900.1
source libraries.sh

tar xzvf zlib-1.2.7.tar.gz
cd zlib-1.2.7
./configure --prefix=$DIR/hdf5
make
make install
cd ..
rm -rf zlib-1.2.7
source libraries.sh

# hdf5-1.10.5
tar xzvf hdf5-1.10.5.tar.gz
cd hdf5-1.10.5/
./configure --prefix=$DIR/hdf5 --with-zlib=$DIR/hdf5
make
make install
cd ..
rm -rf hdf5-1.10.5
source libraries.sh

# netcdf-c-4.8.1
unzip netcdf-c-4.8.1.zip
cd netcdf-c-4.8.1/
CPPFLAGS="-I$DIR/hdf5/include" LDFLAGS="-L$DIR/hdf5/lib" ./configure --prefix=$DIR/netcdf --enable-netcdf-4 --enable-netcdf4 --enable-shared --disable-dap
make
make install
cd ..
rm -rf netcdf-c-4.8.1
source libraries.sh

# netcdf-fortran-4.5.4
unzip netcdf-fortran-4.5.4.zip
cd netcdf-fortran-4.5.4/
CPPFLAGS="-I$DIR/netcdf/include" LDFLAGS="-L$DIR/netcdf/lib" ./configure --prefix=$DIR/netcdf
make
make install
cd ..
rm -rf netcdf-fortran-4.5.4
source libraries.sh

# netcdf-cxx4-4.3.1
unzip netcdf-cxx4-4.3.1.zip
cd netcdf-cxx4-4.3.1/
CPPFLAGS="-I$DIR/hdf5/include -I$DIR/netcdf/include" LDFLAGS="-L$DIR/hdf5/lib -L$DIR/netcdf/lib" ./configure --prefix=$DIR/netcdf
make
make install
cd ..
rm -rf netcdf-cxx4-4.3.1
source libraries.sh

# openmpi-3.0.0
tar xzvf openmpi-3.0.0.tar.tar
cd openmpi-3.0.0
./configure --prefix=$DIR/openmpi3.0.0
make
make install
cd ..
rm -rf openmpi-3.0.0
source libraries.sh

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#!/bin/bash
# WRF依赖库环境变量配置脚本
# 注意：使用前请修改路径为实际安装路径

# 创建库文件存储目录
if [ ! -d "/home/daimu/Desktop/LIBRARIES" ];then
  mkdir /home/daimu/Desktop/LIBRARIES
else
  echo "文件夹已经存在"
fi

# 设置基础编译器环境变量
export DIR=/home//LIBRARIES
export CC=gcc        # C编译器
export CXX=g++       # C++编译器
export FC=gfortran   # Fortran编译器
export CFLAGS=-m64   # C编译器标志
export F77=gfortran  # Fortran77编译器
export FFLAGS=-m64   # Fortran编译器标志

# MPI环境变量设置
export PATH=$DIR/mpich/bin:$PATH

# zlib、libpng、jasper库路径设置
export LDFLAGS=-L$DIR/grib2/lib
export CPPFLAGS=-I$DIR/grib2/include

# HDF5库环境变量
export LD_LIBRARY_PATH=$DIR/hdf5/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=$DIR/hdf5/bin:$PATH
export HDF5_HOME=$DIR/hdf5
export HDF5_INCDIR=$HDF5_HOME/include
export HDF5_LIBDIR=$HDF5_HOME/lib

### netcdf
export PATH=$DIR/netcdf/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$DIR/netcdf/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export NETCDF=$DIR/netcdf
export NETCDF_INC=$NETCDF/include
export NETCDF_LIB=$NETCDF/lib
export NETCDF_INCDIR=$NETCDF/include
export NETCDF_LIBDIR=$NETCDF/lib
export NETCDFPATH=$NETCDF

### openmpi
MPI_HOME=$DIR/openmpi3.0.0
export PATH=${MPI_HOME}/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=${MPI_HOME}/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=${MPI_HOME}/share/man:$MANPATH


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source /opt/intel2018/bin/compilervars.sh intel64

export DIR=/home/deepin/data/wmj/Daimu/LIBRARIES_intel2
export CC=icc
export CXX=icpc
export FC=ifort
export CFLAGS='-O3 -xHost -ip -no-prec-div -static-intel'
export F77=ifort
export FFLAGS='-O3 -xHost -ip -no-prec-div -static-intel'

Ps: 编译器和库测试

Compiling WRF (ucar.edu)

MPI和OpenMPI

编译时的选择

serial 表示串行计算；
smpar 表示内存共享并行计算(shared memory option)，即使用openMP，大部分多核电脑都支持这项功能；
dmpar 表示分布式并行计算(distributed memory option)，即使用MPI 进行并行计算，主要用在计算集群，单个电脑就没必要用了；
dm+sm 表示同时使用openMP与MPI两种并行方式.

mpich和openmpi的区别

openmpi是共享式内存结构上的并行计算，就是一台服务器上的多个线程的并行计算

mpich则是分布式内存结构的并行计算，由很多个服务器共同并行计算，是塔式结构。

上述两种并行库对模型计算有影响吗？当然是有的。WRF中的AFWA模块主要是用来诊断降水，极端天气，能见度，水汽，冰，云，热，湍流等的一些变量。如果需要打开这个模块，那么需要保证并行库是mpich的，否则会报错。

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